A trinokuláris mikroszkóp egy olyan optikai eszköz, amely a többi mikroszkóptípustól a három optikai kimenet jelenlétében különbözik. E kimenetek közül kettő szabványos okulár, amelyek a minta mindkét szemmel történő közvetlen megfigyelésére szolgálnak. Ez a „binokuláris megfigyelésként” ismert módszer kényelmesebb a felhasználó számára a hosszabb munkavégzés során, és csökkenti a szem fáradását. A harmadik, különálló kimenet, amelyet trinokuláris portnak neveznek, digitális fényképezőgép vagy kamera csatlakoztatására szolgál. A mikroszkópfej belsejében egy prizmarendszer található, amely elosztja a megfigyelt tárgytól érkező fényt. A felhasználó egy kapcsoló segítségével az összes fényt vagy az okulárokba irányíthatja megfigyelés céljából, vagy a harmadik kimenetbe felvétel céljából. Gyakran a fény megosztása is lehetséges, ami lehetővé teszi a kép egyidejű szemmel történő megfigyelését és a kamerával történő rögzítését. Ennek az elrendezésnek a fő felhasználási területe a digitális dokumentáció, a számítógépes képelemzés, az élő kép monitoron történő bemutatása nagyobb közönség számára, illetve az oktatási célú felhasználás.
