Az egér kompatibilitása a különböző operációs rendszerekkel, hardverekkel és szoftverekkel való működőképességét jelenti. Fontos, hogy a felhasználók vásárlás előtt ellenőrizzék a kompatibilitást, mivel egyes egerekhez speciális illesztőprogramok szükségesek, vagy előfordulhat, hogy bizonyos rendszerekkel nem működnek teljes mértékben.