Az átmenő szkenner nagy mennyiségű dokumentum gyors beolvasására szolgál. A dokumentumok automatikusan áthaladnak a szkenneren, így nagy mennyiségű papírdokumentáció hatékony feldolgozását teszi lehetővé. Ezt a típusú szkennert gyakran használják irodákban, jogi irodákban és az egészségügyben a dokumentumok digitalizálására és archiválására.